按工艺要求维持球盟会棚与周围空间的微小差压，可正压或负压。微差压可通过送风口，回风口或余压阀来控制。压差控制在净化空调系统中是一个很重要的环节。只有通过对净化区域的压差进行控制，保证合理的气流组织，才能完成净化和工艺的要求。
例如
球盟会棚要保持正压使外界未经净化的空气不会进人净化区域，了解球盟会级别；并且通过对各净化区域的不同的压差控制，实现净化分区的作用，在GMP中就要求不同净化级别区域的压差应控制不小于+5Pa。在生物安全球盟会室中，压差控制也是保障安全防护屏障的一种方法，要求使实验室的负压梯度有一个稳定可靠的控制。因此对于净化空调系统来说，压差控制是很重要的。
球盟会棚内压力保持高于外部压力，则为正压球盟会室：反之称为负压球盟会室。正压与负压是相对而言的，一个球盟会室对大气而言是正压球盟会室，但对另外一个房间而言可能是负压球盟会室。规定不同等级的球盟会室以及球盟会区与非球盟会区之间的压差不小于5Pa，球盟会区与室外的压差不小于 10Pa。棚内走廊与非球盟会区至少维持30Pa正压压差。这种压差建立的基本原理是送风量大于回风量、排风量、渗漏风量来实现的。
